JSONL Transcript 会话持久化与恢复机制

本文梳理 Claude Code 基于 JSONL transcript 的会话持久化、恢复、错误恢复、上下文压缩、分支、subagent、fork agent 和 remote agent 逻辑。这不是按文件罗列的源码笔记，而是一份机制手册：先建立心智模型，再看数据结构、生命周期、异常路径和源码入口。

怎么读

如果你想看	建议先读
为什么 resume 能恢复到正确位置	`总览`、`读取与链路重建`、`恢复入口`
为什么 compact 后历史还在但模型看不到	`上下文视图`、`Compact 与投影`
为什么 subagent 不污染主会话	`存储拓扑`、`Subagent 与 Fork Agent`
`/branch`、`--fork-session`、`/fork` 有什么区别	`分支与 Fork 对比`
崩溃、超限、取消后如何恢复	`错误恢复矩阵`

总览

Claude Code 的本地会话核心是 append-only JSONL。每一行是一个 Entry，但恢复时不会按文件顺序重放整个文件，而是：

把 transcript message 放入 uuid -> message map。
把 metadata entry 放入各自 map 或数组。
选择最新 leaf。
从 leaf 沿 parentUuid 回溯，得到当前有效链。
应用 compact、snip、preserved segment、content replacement 等投影。
恢复 sessionId、worktree、mode、agent setting、任务状态等内存状态。

核心不变量：

不变量	含义
JSONL 尽量 append-only	compact、branch、sidechain 都优先追加新 entry，不直接改旧历史。
`uuid/parentUuid` 决定世界线	文件顺序只说明写入顺序，真正恢复靠链路回溯。
metadata 不参与主链	title、tag、worktree、content replacement 等通过 sessionId/messageId/agentId 合并。
compact 不删除历史	它追加 boundary，模型视图从最后一个 boundary 后开始。
subagent 是 sidechain	子 agent 的完整对话在独立 JSONL，父会话只看到 Agent tool 的结果/通知。
remote agent 不是 sidechain	remote agent 本地只保存 sidecar 身份，执行状态来自 CCR。

系统分层

存储拓扑

~/.claude/projects/<project-key>/
  <sessionId>.jsonl
  <sessionId>/
    subagents/
      agent-<agentId>.jsonl
      agent-<agentId>.meta.json
      <subdir>/
        agent-<agentId>.jsonl
        agent-<agentId>.meta.json
    remote-agents/
      remote-agent-<taskId>.meta.json

文件	生成函数	用途
`<sessionId>.jsonl`	`getTranscriptPath()`	主会话 transcript。
`subagents/agent-<agentId>.jsonl`	`getAgentTranscriptPath(agentId)`	本地 subagent / fork agent sidechain。
`subagents/agent-<agentId>.meta.json`	`getAgentMetadataPath(agentId)`	agentType、worktreePath、description。
`remote-agents/remote-agent-<taskId>.meta.json`	`getRemoteAgentMetadataPath(taskId)`	remote CCR session 身份，用于恢复 polling。

核心源码地图

机制	主要文件
Entry 类型	`src/types/logs.ts`
路径、写入、读取、链路重建	`src/utils/sessionStorage.ts`
大文件流式读取	`src/utils/sessionStoragePortable.ts`
CLI resume 加载和中断检测	`src/utils/conversationRecovery.ts`
session 切换和状态恢复	`src/utils/sessionRestore.ts`
SDK/headless query 写 transcript	`src/QueryEngine.ts`
API query loop、compact、错误恢复	`src/query.ts`
compact 实现	`src/services/compact/*`
context-collapse stub 与持久化接口	`src/services/contextCollapse/*`
`/branch`	`src/commands/branch/branch.ts`
`/fork`	`src/commands/fork/fork.tsx`
AgentTool 和 subagent	`packages/builtin-tools/src/tools/AgentTool/*`
通用 forked side query	`src/utils/forkedAgent.ts`
remote agent task	`src/tasks/RemoteAgentTask/RemoteAgentTask.tsx`

数据模型

Entry 定义在 src/types/logs.ts，可以分为三大类。

类别	典型 type	是否进入 `parentUuid` 链	key	恢复用途
transcript message	`user`、`assistant`、`attachment`、`system`	是	`uuid`	重建对话链、模型上下文、UI scrollback。
session metadata	`custom-title`、`tag`、`mode`、`worktree-state`、`pr-link`、`agent-setting`	否	`sessionId`	恢复标题、标签、模式、worktree、PR、agent 设置。
message metadata	`file-history-snapshot`、`attribution-snapshot`、`summary`	否	`messageId` 或 `leafUuid`	恢复文件历史、归因、摘要。
replacement metadata	`content-replacement`	否	`sessionId` + optional `agentId`	恢复大 tool_result 的替换决策。
context-collapse metadata	`marble-origami-commit`、`marble-origami-snapshot`	否	`sessionId`	预留 context-collapse 恢复接口；当前实现为 stub。
queue/task metadata	`queue-operation`、`task-summary`、`speculation-accept`	否	各自字段	恢复队列、任务摘要、推测接受统计。

TranscriptMessage 字段

真正参与链路的是 TranscriptMessage：

字段	含义
`uuid`	当前消息 ID。
`parentUuid`	链路父节点，恢复时沿它回溯。
`logicalParentUuid`	compact boundary 等断链场景保留逻辑父节点。
`sessionId`	所属主 session。
`cwd`	写入时工作目录。
`timestamp`	写入时间。
`version`	CLI 版本。
`gitBranch`	写入时 git 分支。
`isSidechain`	是否是 subagent sidechain。
`agentId`	sidechain 所属 agent。
`teamName/agentName/agentColor`	swarm / teammate 展示元数据。

JSONL 示例

主会话消息：

{"type":"user","uuid":"u1","parentUuid":null,"sessionId":"s1","isSidechain":false,"cwd":"D:\\vibe\\claude-code","message":{"role":"user","content":"修复测试"}}
{"type":"assistant","uuid":"a1","parentUuid":"u1","sessionId":"s1","isSidechain":false,"message":{"role":"assistant","content":[{"type":"text","text":"我来检查。"}]}}

sidechain 消息：

{"type":"user","uuid":"u2","parentUuid":null,"sessionId":"s1","isSidechain":true,"agentId":"ag1","message":{"role":"user","content":"分析 compact 路径"}}

agent 的 content-replacement：

{"type":"content-replacement","sessionId":"s1","agentId":"ag1","replacements":[{"messageUuid":"u2","toolUseId":"toolu_...","blockIndex":0,"kind":"persisted"}]}

compact boundary：

{"type":"system","subtype":"compact_boundary","uuid":"b1","parentUuid":"a9","logicalParentUuid":"a9","sessionId":"s1","compactMetadata":{"trigger":"auto","preTokens":182000,"messagesSummarized":94}}

写入生命周期

总流程

关键点：

设计	为什么
用户输入先写 transcript，再进 API	进程在 API 前崩溃时，resume 仍能看到用户 prompt。
assistant streaming 写入多为 fire-and-forget	不阻塞 token streaming。
result 前按需 flush	避免 SDK/桌面端拿到 result 后立即杀进程导致尾部丢失。
`progress` 不参与链路	高频 progress tick 不应该制造分叉或膨胀 transcript。

主会话写入

入口：recordTranscript(messages, teamInfo?, startingParentUuidHint?, allMessages?)。流程：

cleanMessagesForLogging() 过滤 UI-only 或不应持久化的消息。
getSessionMessages(sessionId) 读取当前 session 已有 UUID set。
对未写过的消息调用 insertMessageChain()。
insertMessageChain() 补 parentUuid/sessionId/cwd/timestamp/version/gitBranch/isSidechain。
appendEntry() 进入 per-file queue。

去重不是简单丢弃所有重复：如果 prefix 中某些消息已写过，写入器会推进 startingParentUuid，确保后续新消息接在正确父节点后。

写队列、materialize 和 flush

Project 内部维护 per-file queue：

机制	细节
`writeQueues`	`Map<filePath, entry[]>`，按文件聚合写入。
drain timer	默认 100ms；CCR/remote persistence 场景约 10ms。
queue 上限	单队列超过 1000 条会丢弃最老 queued entry 并 resolve，防止内存无限增长。
chunk 上限	单次 JSONL append chunk 约 100MB。
`flushSessionStorage()`	取消 timer，等待 active drain 和 tracked writes。

sessionFile 初始为 null。这时 title、tag、mode、worktree 等 metadata 先存在内存或 pendingEntries 中。第一次出现 user 或 assistant 时，materializeSessionFile() 才创建 session 文件，然后：

写入缓存 metadata。
回放 pending entries。
之后所有 entry 正常 append。

这样可以避免“只打开 CLI 没说话”也产生 metadata-only session，污染 /resume 列表。

sidechain 写入

subagent 使用 recordSidechainTranscript(messages, agentId, startingParentUuid?)。它底层仍走 insertMessageChain()，但写入字段不同：

isSidechain: true
agentId: agentId

appendEntry() 遇到 isSidechain && agentId 的 transcript message，会把它路由到：

<project>/<sessionId>/subagents/agent-<agentId>.jsonl

如果 content-replacement 带 agentId，也会路由到该 agent 的 sidechain JSONL，而不是主 session JSONL。一个很重要的例外：sidechain 写入不会用主 session UUID set 做去重。fork agent 会复用父会话消息 UUID 来继承上下文；如果按主 session 去重，会把继承上下文从 sidechain 中误删，导致 agent resume 时只剩子 prompt。

读取与链路重建

从 JSONL 到有效链

loadTranscriptFile(filePath, opts?) 产出：

输出	用途
`messages`	`uuid -> TranscriptMessage`。
`leafUuids`	候选 leaf。
title/tag/mode/worktree/PR maps	session metadata。
`fileHistorySnapshots` / `attributionSnapshots`	文件状态恢复。
`contentReplacements`	主线程 replacement records。
`agentContentReplacements`	`agentId -> replacement records`。
`contextCollapseCommits` / `contextCollapseSnapshot`	context-collapse 恢复输入。

leaf 与 parent 链

buildConversationChain(messages, leaf)：

从 leaf 开始。
读取 parentUuid。
找到父消息并继续回溯。
检测 parent cycle，避免无限循环。
reverse 成正序 transcript。
补回并行 tool_use 形成的 DAG 分支。

一个简化例子：

u1 <- a1 <- u2 <- a2
                 ^
               leaf

恢复链: a2 -> u2 -> a1 -> u1
正序链: u1, a1, u2, a2

文件顺序不等于有效链。branch、rewind、streaming fallback 都可能让 JSONL 里有死分支；恢复只选择当前 leaf 所在世界线。

metadata 合并规则

metadata	合并方式	说明
`custom-title`、`tag`、`mode`、`worktree-state`、`pr-link`、`agent-setting`	sessionId keyed，通常 last-wins	恢复最新 session 状态。
`file-history-snapshot`、`attribution-snapshot`	messageId keyed / array	恢复文件历史与归因。
`content-replacement`	append array	多轮 replacement 决策都要保留。
`agentContentReplacements`	agentId keyed + append array	agent resume 重建 sidechain replacement state。
`marble-origami-commit`	ordered array	顺序有语义，后一个 commit 可能引用前一个 summary。
`marble-origami-snapshot`	last-wins	staged snapshot 只恢复最新状态。

大文件读取优化

transcript 可增长到几百 MB 甚至 GB，读取路径有几层防护。

优化	位置	目的
chunk 读取	`readTranscriptForLoad()`	避免一次性读爆内存。
fd 层跳过大 metadata	`readTranscriptForLoad()`	`attribution-snapshot` 等大 entry 不进入 buffer。
compact 前缀跳过	`readTranscriptForLoad()`	遇到非 preserved compact boundary 后，只保留 boundary 后内容。
pre-boundary metadata scan	`scanPreBoundaryMetadata()`	compact 前被跳过时，仍保留 title/tag/mode/worktree/PR 等展示信息。
byte-level dead branch 裁剪	`walkChainBeforeParse()`	JSON.parse 前只拼 active chain 和 metadata，跳过 dead fork/rewind branch。
lite read 限制	`MAX_TRANSCRIPT_READ_BYTES`	直接读 raw transcript 的调用超过约 50MB 要避开。

walkChainBeforeParse() 只有预计能丢掉至少一半 buffer 时才做 concat，避免优化本身变成额外成本。

preserved segment 与 snip

compact boundary 可以带 compactMetadata.preservedSegment。恢复时 applyPreservedSegmentRelinks() 会：

验证 tailUuid -> headUuid 链是否完整。
把 preserved segment 的 head 接到 compact anchor 后。
把 anchor 的其他 children 接到 preserved tail。
删除最后一个 boundary 前且不属于 preserved segment 的旧消息。
清零 preserved assistant 的 usage，避免恢复后马上又触发 autocompact。

示意：

compact 前: old... -> anchor -> head -> ... -> tail -> next
compact 后: boundary/summary -> head -> ... -> tail -> next

snip 和 compact 不同：compact 截断前缀，snip 删除中段。JSONL 不能真的删除旧行，所以 applySnipRemovals() 在内存 map 中删除 removedUuids，再把 dangling parentUuid 重连到最近未删除祖先。

旧链路修复

问题	修复
legacy `progress` 曾进入 parent 链	`progressBridge` 把指向 progress 的 parent 改回 progress 的真实父节点。
parent cycle	`buildConversationChain()` 检测 cycle，记录并返回 partial chain。
并行 tool_use 形成 DAG	`recoverOrphanedParallelToolResults()` 按 assistant `message.id` 和 tool_result parent 关系补回 sibling。
streaming fallback 孤儿尾巴	tombstone 触发 `removeTranscriptMessage(uuid)` 删除失败 attempt。

恢复入口

入口矩阵

入口	加载源	是否复用原 sessionId	是否 adopt 原 JSONL	特点
`--continue`	当前目录最近 session	是	是	跳过仍 live 的 bg/daemon 非 interactive session。
`--resume <uuid>`	指定 session	是	是	也支持 custom title / 搜索词 / picker。
`--resume <jsonl>`	指定 JSONL 文件	是	是	Ant 内部/print path 支持。
`--fork-session` + resume	旧 session messages	否	否	保持新 sessionId，把旧消息作为新 session 初始内容。
`--resume-session-at <message.id>`	print/headless resume	取决于 resume	取决于 resume	截断到指定 assistant message。
REPL `/resume`	picker / log option	是或 fork	是或否	会跑 SessionEnd/SessionStart hooks，切换 UI state。

CLI resume 流程

核心函数：

函数	责任
`loadConversationForResume()`	统一加载最近 session、sessionId、LogOption 或 JSONL path；补 lite log；复制 plan/file history；做 consistency check；反序列化和中断检测；返回 metadata。
`processResumedConversation()`	CLI interactive 启动恢复；切换或 fork session；恢复 cost、worktree、mode、agent setting、context-collapse、attribution。
`restoreSessionStateFromLog()`	恢复 AppState 侧状态：file history、attribution、context-collapse、TodoWrite todos。

REPL `/resume`

REPL 内 resume 比 CLI 启动路径多了“从当前 session 切换到另一个 session”的工作：

清理目标 log messages。
当前 session 跑 SessionEnd hooks。
目标 session 跑 SessionStart resume hooks。
保存当前 session cost，恢复目标 session cost。
switchSession(sessionId, dirname(fullPath)) 原子切换 sessionId + project dir。
resetSessionFilePointer() 并恢复 metadata cache。
非 fork 时退出上一次 worktree，恢复目标 worktree，adoptResumedSessionFile()。
fork 时不接管原 transcript，不退出当前 worktree。
重建 content replacement state。
恢复 remote/local task 状态。
替换 messages、清 tool JSX、清输入框。

中断检测矩阵

deserializeMessagesWithInterruptDetection() 会先清理历史消息：

清理	目的
legacy attachment 迁移	兼容旧 transcript。
非法 `permissionMode` 删除	防止跨 build 的无效枚举进入运行态。
unresolved tool_use 过滤	避免 API 报 tool_use/tool_result 不配对。
orphaned thinking-only assistant 过滤	避免中断 streaming 留下孤儿 thinking block。
whitespace-only assistant 过滤	避免取消时留下空白 assistant。

然后看最后一个 turn-relevant message：

最后有效消息	结果	额外动作
assistant	`none`	streaming 持久化里 stop_reason 常为 null，不能靠它判断未完成。
普通 user	`interrupted_prompt`	插入 `NO_RESPONSE_REQUESTED` sentinel 保持 API-valid。
meta user / compact summary user	`none`	不把内部控制消息当用户新请求。
tool_result user	通常 `interrupted_turn`	例外：Brief/SendUserMessage/SendUserFile terminal tool_result 视为完成。
attachment	`interrupted_turn`	追加 meta user：`Continue from where you left off.`
system/progress/API error assistant	跳过	不作为 turn 完成判断依据。

interrupted_turn 会统一转换为 interrupted_prompt，让上层只处理一种“需要续跑”的状态。

错误恢复矩阵

场景	处理策略	transcript 影响
API 前进程崩溃	用户 prompt 已由 `QueryEngine.ask()` 先写入。	resume 看到普通 user，触发 `interrupted_prompt`。
streaming fallback 产生孤儿 assistant	yield tombstone，REPL 移除 UI message 并调用 `removeTranscriptMessage(uuid)`。	优先只改 JSONL 尾部 64KB；大文件目标不在尾部时跳过慢 rewrite。
prompt-too-long / media-too-large	streaming 阶段先 withheld；先 context-collapse drain，再 reactive compact；失败才暴露错误。	compact 成功则写 boundary/summary 并重试；失败才写 API error message。
max_output_tokens	先提高 max output override；仍失败则注入内部 recovery prompt 续写；耗尽才暴露错误。	内部 retry prompt 不一定成为普通 transcript，取决于是否 yield 到外层。
auto compact 关闭但到 blocking limit	直接 yield prompt-too-long 风格 API error。	保留用户手动 `/compact` 空间。
abort during streaming/tools	补齐缺失 tool_result，必要时 yield user interruption message。	`reason === interrupt` 时跳过 interruption message，因为后续 queued user message 已提供上下文。
stop hook blocking	把 hook blocking error 加入 state 后重试。	有 reactive compact guard，避免 hook/error/compact 无限循环。
compact boundary 指向未落盘 tail	QueryEngine 写 boundary 前强制补写 preserved tail 前的消息。	避免恢复时 boundary 引用不存在 UUID。
subagent transcript 尾部不完整	`resumeAgentBackground()` 再次过滤 unresolved tool_use、orphan thinking、空白 assistant。	避免恢复 agent 后 API 请求非法。

上下文视图

同一份消息在系统里有四种视图，不要混在一起：

视图	内容	谁使用
Raw transcript	JSONL 中所有 entry，包括旧历史、dead branch、metadata、sidechain。	磁盘持久化和审计。
UI scrollback	REPL 当前展示的消息，可能保留 compact 前历史和 collapsed UI group。	终端 UI。
Active query view	`getMessagesAfterCompactBoundary()` 后的消息，默认再投影 snip。	`query.ts` 上下文管理。
API wire view	`normalizeMessagesForAPI()` 后，过滤 system boundary、修复 tool pairing、插入 cache edits。	Anthropic/OpenAI/Gemini 等 API client。

每轮 query 的 active context 顺序：

getMessagesAfterCompactBoundary(messages)：取最近 compact boundary 之后的 active slice，默认叠加 snip 投影。
删除旧 toolUseResult 原始 payload，只保留 API 需要的 message.content。
applyToolResultBudget()：过大的 tool_result 替换为 preview/stub，并写 content-replacement。
snipCompactIfNeeded()：HISTORY_SNIP 下删除中段历史。
microcompactMessages()：time-based microcompact，再 cached microcompact。
contextCollapse.applyCollapsesIfNeeded()：当前为 identity stub。
autoCompactIfNeeded()：主动 compact，优先 session memory compact。
predictive autocompact：API 前估算本 turn 增长，必要时提前 compact。
API 真实超限后：context-collapse drain，再 reactive compact。

Compact 与投影

Compact 类型对比

类型	触发	摘要来源	是否调用 compact API	是否保留尾段	失败策略
manual compact	`/compact`	compact summary API 或 session memory	取决于路径	取决于 full/partial/SM	显示失败或回退传统 compact。
auto compact	token 阈值	先 session memory，后 summary API	取决于路径	取决于路径	连续失败 circuit breaker，默认 3 次后停止自动 compact。
predictive compact	API 前估算增长	同 auto compact	取决于路径	取决于路径	失败则继续原请求或走后续错误恢复。
reactive compact	API 真实 413/media error 后	`compactConversation()`	是	当前 wrapper 取决于 compact 实现	`hasAttemptedReactiveCompact` 防循环。
session memory compact	manual/auto 前置尝试	session memory 文件	否	是	若 post-compact 仍超阈值，放弃并回退传统 compact。
microcompact	time/cached 小型压缩	局部清理或 API cache edit	不一定	不适用	通常不改变 JSONL 主历史。
snip	`HISTORY_SNIP`	删除中段	否	保留前后上下文	通过 snip metadata 投影，不物理删旧行。

Compact 结果形态

传统 compact 会生成：

compact_boundary system message。
compact summary user message。
post-compact attachments，例如当前文件、计划模式、技能、MCP/tool schema delta、hook 结果。

简化 before/after：

Raw/UI:
  u1, a1, u2, a2, ... u99, a99,
  system:compact_boundary,
  user:compact summary,
  attachment:current files,
  u100

Active query view:
  system:compact_boundary,
  user:compact summary,
  attachment:current files,
  u100

API wire view:
  user:compact summary,
  attachment/content,
  u100

boundary 本身是 system message，最后会被 API normalization 过滤；它的价值主要在本地投影、恢复和统计。

Boundary metadata

createCompactBoundaryMessage() 写：

字段	含义
`compactMetadata.trigger`	`manual` 或 `auto`。
`compactMetadata.preTokens`	compact 前 token 数。
`compactMetadata.userContext`	用户手动 compact 的额外说明。
`compactMetadata.messagesSummarized`	被总结消息数量。
`logicalParentUuid`	compact 前最后消息，用于逻辑追踪。

后续路径还会补：

字段	来源	作用
`preCompactDiscoveredTools`	traditional/SM compact	恢复 deferred tool schema 可见性。
`preservedSegment.{headUuid,anchorUuid,tailUuid}`	partial/SM compact	恢复时把保留尾段接到 boundary 后。

Tool result budget 与 content replacement

大 tool_result 不一定直接进入后续上下文。applyToolResultBudget() 会按 API-level user message 聚合预算，必要时把大块内容持久化并替换成较小 preview/stub。关键点：

点	说明
replacement decision 会落 JSONL	`recordContentReplacement()` 写 `content-replacement`。
主线程和 agent 分开	无 `agentId` 写主 JSONL；有 `agentId` 写 sidechain JSONL。
resume 会重建 replacement state	避免恢复后同一大结果又变回完整内容，导致 token 暴涨或 prompt cache 失配。
`--fork-session` 会 seed records	fork 新 session 时复制 replacement 决策到新 session。

Session memory compact

sessionMemoryCompact.ts 是传统 summary compact 前的实验路径。流程：

等待 session memory extraction 完成。
读取 session memory 文件。
有 lastSummarizedMessageId 时，从其后保留安全尾段；否则把 resumed session 视为已有 memory summary。
调整切点，避免断开 tool_use/tool_result 或 thinking blocks。
创建标准 compact_boundary + summary user message。
若 post-compact token count 仍超过阈值，放弃并回退传统 compact。

因为产物仍是标准 CompactionResult，下游写 transcript 和恢复逻辑与传统 compact 共用。

Context-collapse 当前状态

本仓库保留了 context-collapse 的持久化接口，但核心实现是 stub：

模块	当前行为
`contextCollapse/index.ts`	`applyCollapsesIfNeeded()` 返回原 messages；`recoverFromOverflow()` 返回 committed=0；`isWithheldPromptTooLong()` 恒 false。
`contextCollapse/operations.ts`	`projectView()` 是 identity。
`contextCollapse/persist.ts`	`restoreFromEntries()` 是 no-op。

已预留 JSONL entry：

Entry	写入接口	内容
`marble-origami-commit`	`recordContextCollapseCommit()`	`collapseId`、summary UUID/content、archived span 边界。
`marble-origami-snapshot`	`recordContextCollapseSnapshot()`	staged spans、armed、lastSpawnTokens。

loader 会收集这些 entry；遇到 compact boundary 时会清空旧 commits/snapshot，避免它们引用已被 compact 丢弃的 UUID。所以当前真实生效的上下文缩减主要是 compact、session memory compact、tool_result budget、microcompact 和 snip；context-collapse 只是接口已接好。

Compact 后清理

runPostCompactCleanup(querySource) 总是清：

microcompact state。
system prompt sections。
classifier approvals。
speculative bash checks。
beta tracing。
session messages memo cache。
compact cleanup callbacks。
COMMIT_ATTRIBUTION 下异步 sweep file-content cache。

只在主线程 compact 清：

context-collapse store。
getUserContext cache。
memory files cache。

原因：subagent 和主线程同进程，共享模块级状态。agent:* compact 如果清主线程 context-collapse 或 memory cache，会破坏父会话状态。它明确不清 resetSentSkillNames()，避免 compact 后重新注入完整 skill listing，浪费 token 和 prompt cache。

分支与 Fork 对比

入口	本质	是否新主 session	是否 subagent	持久化位置	父会话看到什么	恢复方式
`/branch`	复制当前主 transcript 成新 JSONL	是	否	`<newSessionId>.jsonl`	直接切到新分支会话	普通 session resume。
`--fork-session`	resume/continue 时把旧消息作为新 session 初始消息	是	否	新 session 首次写入时 materialize	启动即在新 session 中继续	新 session resume。
`/fork <directive>`	slash wrapper，调用 AgentTool fork	否	是	`subagents/agent-<id>.jsonl` + `.meta.json`	fork started + task notification	`resumeAgentBackground()`。
`AgentTool({ fork: true })`	Tool 层 fork 子 agent	否	是	`subagents/agent-<id>.jsonl` + `.meta.json`	sync final tool_result 或 async notification	`resumeAgentBackground()`。
普通 AgentTool async	后台本地 subagent	否	是	`subagents/agent-<id>.jsonl` + `.meta.json`	`async_launched` + task notification	`resumeAgentBackground()`。
remote AgentTool	CCR remote session	否	远端	`remote-agents/*.meta.json`	remote task output/notification	`restoreRemoteAgentTasks()` + CCR。

`/branch`

/branch 创建新 session 文件，不是在原 JSONL 里追加 branch marker。流程：

生成新的 sessionId。
读取当前 transcript 文件。
过滤主会话消息，排除 isSidechain 和非 transcript entry。
复制消息并重写 sessionId。
重新串 parentUuid。
添加 forkedFrom: { sessionId, messageUuid }。
复制原 session 的 content-replacement entry 并改成新 sessionId。
写入 <newSessionId>.jsonl。
构造 LogOption 并让 REPL resume 到新分支。

`--fork-session`

--fork-session 只改变 resume 的 ownership：

非 fork resume	fork-session resume
切到旧 sessionId。	保持启动时 fresh sessionId。
`adoptResumedSessionFile()` 接管旧 JSONL。	不接管旧 JSONL。
后续继续 append 到旧 transcript。	后续 materialize 成新 transcript。
原 session 继续增长。	原 session 不被写入。

如果旧 session 有 content-replacement，会先把 records seed 到新 session，避免大 tool_result 的替换状态丢失。

Subagent 与 Fork Agent

普通 subagent

普通 AgentTool subagent 最终走 runAgent()：父会话通常只记录：

Agent tool_use。
Agent tool_result。
async launch result。
task notification。
必要 progress。

完整子 agent 内部工具调用和消息在 sidechain JSONL 中，不会混进主会话 active context。

Fork agent

fork agent 是 AgentTool 的一种特殊 subagent。它继承父上下文、system prompt、tools、model 和 thinking config，目标是让多个子 agent 共享尽可能长的 byte-identical prompt cache prefix。关键实现：

继承内容	实现
system prompt	优先使用 `toolUseContext.renderedSystemPrompt`，没有才 fallback 重建。
tools	使用父 `toolUseContext.options.tools`，`useExactTools: true`。
model	`FORK_AGENT.model = "inherit"`。
thinking/non-interactive	通过 exact tool/options 继承，避免 cache key 分叉。
messages	`forkContextMessages = toolUseContext.messages`。

buildForkedMessages() 负责构造 cache-friendly 尾部：

parent history...
assistant: [text/thinking/tool_use A/tool_use B/...]
user:
  tool_result for A = "Fork started — processing in background"
  tool_result for B = "Fork started — processing in background"
  directive = "<this fork's task>"

多个 fork child 的长前缀相同，只有最后 directive 不同。限制：

限制	原因
需要 `FORK_SUBAGENT` feature。	功能门控。
coordinator mode 禁用。	coordinator 已有自己的编排模型。
non-interactive session 禁用。	fork subagent 偏交互式后台任务模型。
fork child 禁止递归 fork。	防止无限 fork；通过 querySource 和 boilerplate tag 检测。
resume fork agent 不再传 `forkContextMessages`。	sidechain 已包含父上下文切片，重复传会造成重复 tool_use id。

`runForkedAgent()` 不是 AgentTool fork

src/utils/forkedAgent.ts 的 runForkedAgent() 是内部 cache-safe side query 工具，用于 session memory、prompt suggestion、summary 等。它复用父 system/user/system context、tools、messages，可选 skipTranscript，但默认不写 AgentTool metadata，也不是用户可继续对话的 AgentTool fork。

Agent 恢复

本地 agent 恢复入口是 resumeAgentBackground()。流程：恢复时：

状态	来源
agent transcript	`agent-<agentId>.jsonl`。
agent type	`agent-<agentId>.meta.json`。
fork/general agent 选择	metadata `agentType`。
worktree cwd	metadata `worktreePath`，目录不存在则回退父 cwd。
content replacement	sidechain records + parent live state gap-fill。
task UI	重新注册 async task。

Remote Agent 恢复

remote CCR agent 不靠本地 sidechain 继续执行。差异：

本地 subagent	remote agent
有完整 sidechain JSONL。	没有本地执行 transcript。
resume 可继续 API 对话。	resume 只恢复 polling。
状态来自 JSONL + `.meta.json`。	状态来自 CCR session + local sidecar。
完成后本地 sidechain 仍可审计。	完成/archived 后 sidecar 会删除。

常见误区

误区	正确理解
JSONL 顺序就是会话顺序	恢复靠 leaf + `parentUuid`，不是简单顺序 replay。
compact 删除了旧历史	compact 追加 boundary；旧历史仍在 raw transcript。
boundary 会发给模型	boundary 是本地 system marker，API normalization 会过滤。
`/branch` 和 `/fork` 都是 fork	`/branch` 是新主 session；`/fork` 是 fork subagent sidechain。
`--fork-session` 等于 `/branch`	它不是复制文件命令，而是 resume 时保持 fresh session ownership。
subagent 消息会进入主上下文	父会话只看到 Agent tool result/notification，完整内部消息在 sidechain。
remote agent 有本地 sidechain	remote 只有 sidecar 身份，执行状态来自 CCR。
context-collapse 已经真实压缩上下文	当前仓库中 context-collapse 核心实现是 stub。

源码入口索引

问题	从这里看
Entry union 有哪些类型	`src/types/logs.ts` 的 `Entry`。
主 transcript 路径	`src/utils/sessionStorage.ts` 的 `getTranscriptPath()`。
subagent transcript 路径	`getAgentTranscriptPath(agentId)`。
remote sidecar 路径	`getRemoteAgentsDir()` / `getRemoteAgentMetadataPath()`。
主写入	`recordTranscript()`。
sidechain 写入	`recordSidechainTranscript()`。
write queue	`Project.enqueueWrite()` / `drainWriteQueue()` / `flush()`。
lazy materialize	`Project.materializeSessionFile()`。
tombstone 删除	`removeTranscriptMessage()` / `Project.removeMessageByUuid()`。
读取 transcript	`loadTranscriptFile()`。
大文件读取	`readTranscriptForLoad()` in `sessionStoragePortable.ts`。
dead branch 裁剪	`walkChainBeforeParse()`。
parent 链重建	`buildConversationChain()`。
parallel tool_result 补回	`recoverOrphanedParallelToolResults()`。
preserved segment	`applyPreservedSegmentRelinks()`。
snip removal	`applySnipRemovals()`。
CLI resume 加载	`loadConversationForResume()`。
resume 状态切换	`processResumedConversation()`。
AppState 恢复	`restoreSessionStateFromLog()`。
中断检测	`deserializeMessagesWithInterruptDetection()`。
active context	`getMessagesAfterCompactBoundary()`。
query context pipeline	`src/query.ts`。
compact boundary	`createCompactBoundaryMessage()`。
auto compact	`autoCompactIfNeeded()` / `shouldAutoCompact()`。
session memory compact	`src/services/compact/sessionMemoryCompact.ts`。
reactive compact	`src/services/compact/reactiveCompact.ts`。
post compact cleanup	`runPostCompactCleanup()`。
context-collapse stub	`src/services/contextCollapse/*`。
`/branch`	`src/commands/branch/branch.ts`。
`/fork`	`src/commands/fork/fork.tsx`。
AgentTool fork	`AgentTool.tsx` + `forkSubagent.ts`。
普通 subagent 运行	`runAgent.ts`。
agent resume	`resumeAgent.ts`。
remote task restore	`restoreRemoteAgentTasks()`。

​JSONL Transcript 会话持久化与恢复机制

​怎么读

​总览

​系统分层

​存储拓扑

​核心源码地图

​数据模型

​TranscriptMessage 字段

​JSONL 示例

​写入生命周期

​总流程

​主会话写入

​写队列、materialize 和 flush

​sidechain 写入

​读取与链路重建

​从 JSONL 到有效链

​leaf 与 parent 链

​metadata 合并规则

​大文件读取优化

​preserved segment 与 snip

​旧链路修复

​恢复入口

​入口矩阵

​CLI resume 流程

​REPL /resume

​中断检测矩阵

​错误恢复矩阵

​上下文视图

​Compact 与投影

​Compact 类型对比

​Compact 结果形态

​Boundary metadata

​Tool result budget 与 content replacement

​Session memory compact

​Context-collapse 当前状态

​Compact 后清理

​分支与 Fork 对比

​/branch

​--fork-session

​Subagent 与 Fork Agent

​普通 subagent

​Fork agent

​runForkedAgent() 不是 AgentTool fork

​Agent 恢复

​Remote Agent 恢复

​常见误区

​源码入口索引